Den 21. mars 1925 startet en virksomhet i Arendal under navnet «Den lille Indremisjon». 37 personer var med å starte foreningen, men allerede på første medlemsmøte 30. mars hadde flokken vokst til 83 medlemmer og innen utgangen av året var medlemstallet 100. I 1932 sluttet venneflokken seg til Det Norske Misjonsforbund (DNM), nå Misjonskirken Norge.
Det er særlig to perioder som i historien særlig fremheves. I 1943 opplevde menigheten hva de selv karakteriserte på følgende måte: «Det intense vekkelsesarbeid ved våre predikanter i og omkring byen er blitt kronet med hell». 74 medlemmer ble tatt opp dette året. En annen periode som fremheves er tidlig på 70-tallet. I 1971 var det vekkelse-kampanje med evangelist Freddy Fredriksen som varte i 12 uker og mange ble frelst.
Ellers bærer historien stort sett preg av at menigheten har hatt stabile medlemmer og i liten grad vært preget av stridigheter. Det har ikke vært menighetssplittelse selv om det har vært spenninger, bl.a. i 1931 da man bestemte seg for å gå inn i DNM. Protokollen fra dette året avslører åndelig og økonomisk krise.
Siden 1937 har menigheten hatt fast pastor, og i hovedsak blitt betjent av pastorer med DNM-bakgrunn. Menigheten har hatt ulike lokaler, og var blant annet i en lang tid (fra 1967) i en hjørnegård i Arendal sentrum, nemlig Nygata 5. Nå holder Arendal misjonskirke til i nye lokaler på nesten 2000 kvm på Myra i Arendal. Vi flyttet inn høsten 2008 og er stolte og takknemelige over det flotte kirkebygget vi har fått.